・男の子の場合、おしっこ位置がハーネスにあたりません？当たっても問題ないですか？

個体差ありますが、当たる事も多くあります。
そして当たる場合は問題ございます。

一番シンプルな回避方法はおむつを履かせる。
それ以外としては当たっているハーネスをずらし、当たらないように工夫するかのどちらかです。